我國自88年以來，即實施健康食品管理制度，迄今已有15年歷史，產品須向衛生福利部申請健康食品查驗登記，取得許可後，始得稱做「健康食品」。目前健康食品查驗登記審查採雙軌制，取得許可之健康食品亦分成2款：
第一軌為「個案審查」：產品需執行安全性、功效性及安定性試驗，經衛生福利部審查評估產品安全無虞並具保健功效，始取得健康食品許可證。目前得宣稱之保健功效共有13項：「護肝」、「抗疲勞」、「調節血脂」、「調節血糖」、「免疫調節」、「骨質保健」、「牙齒保健」、「延緩衰老」、「促進鐵吸收」、「胃腸功能改善」、「輔助調節血壓」、「不易形成體脂肪」、「輔助調整過敏體質」。產品所准許宣稱之保健功效及其宣稱敘述，取決於個別產品所提出科學驗證之結果。
第二軌為「規格標準審查」：產品成分符合衛生福利部公告之健康食品規格標準，該等成分已由學理確立產品保健功效，無需個案進行保健功效評估試驗，目前已公告的健康食品規格標準為魚油及紅麴兩項，凡獲得通過者，可宣稱之保健功效敘述均相同。如：魚油類產品可標示：「本產品可能有助於降低血中三酸甘油酯；其功效乃由學理得知，非由實驗確認」；紅麴類產品可標示：「本產品可能有助於降低血中總膽固醇；其功效由學理得知，非由實驗確認」。
通過審查的產品會給予健康食品(小綠人)標章，消費者可以從產品包裝上的標章及字號來辨別一、二軌，第一軌的產品上標有「衛部健食字第A00000號」，第二軌的產品標有「衛部健食規字第000000號」，已取得認證的產品可由食品藥物消費者知識服務網http://consumer.fda.gov.tw/(首頁 > 整合查詢中心 > 食品 > 核可資料查詢 > 衛生福利部審核通過之健康食品資料查詢)查詢。