為提升食品安全衛生管理層次，確保食品安全，衛生福利部依據食品安全衛生管理法(以下簡稱食安法)第8條第4項訂定「食品安全管制系統準則」，預訂於103年3月11日發布施行。

　　該準則係以行政院衛生署97年5月8日發布之「食品安全管制系統」為架構，除規定食品安管制系統執行方法外，酌修條文之不確定性用語，並分條書寫以符合中央法規標準法規定。衛生福利部訂定「食品安全管制系統準則」發布施行後，將取代現行「食品安全管制系統」，並予同步廢止。該準則另明定管制小組成員中至少一人應符合「食品業者專門職業或技術證照人員設置及管理辦法」規定，具備專門職業人員資格；明定每年至少進行一次內部稽核，以確認食品安全管制系統之有效性。

　　衛生福利部自92年起開始推動食品業實施食品安全管制系統，對於安全風險較高之業別，包括水產食品業、肉品加工食品業、餐盒食品工廠業及乳品加工業等四類已納入強制實施範圍。對於未依規定符合食品安全管制系統準則之食品業者，依食安法第44條第1款規定，經命其限期改正，屆期不改正，處新台幣6萬元以上5千萬元以上罰鍰；情節重大者，並得命其歇業、停業一定期間、廢止其公司、商業、工廠之全部或部分登記事項，或食品業者之登錄；經廢止登錄者，一年內不得再申請重新登錄。

　　食藥署已規劃加強輔導業者建立自主管理制度，未來將依據風險管理原則，陸續公告指定應符合食品安全管制系統準則之食品業別及規模，以推動國內食品工業之整體發展，促進產業升級，以利國內食品業更能適應國際化的競爭。