有關「消費者報導」雜誌第393期，針對國內基因改造食品之管理提出相關疑義與建言內容，食品藥物管理署除對該雜誌及郭教授長期關注國人食品衛生安全相關議題表達感謝外，並強調國內之基因改造食品管理，係依據食品衛生管理法嚴格管理，除須符合各項食品衛生安全規定外，並進一步依該法授權，訂定行政命令，強化對基因改造原料之安全性評估、查驗登記及標示等管理規定。該報導內容述以「…我國則僅有零星的行政命令。 在為人民健康把關的角度上，這是嚴重不足」，並非事實。 

食品藥物管理署表示，目前國內僅開放基因改造黃豆及玉米2品項得供為食用，我國已於89年訂定「基因改造食品安全評估方法」，且於97年及99年依國際法典委員會（CODEX）所定之基因改造食品安全性評估指引，加以增修評估項目。評估內容包括基因改造食品的本身及製程安全，涵蓋該食品之遺傳物質、人類食用經驗及歷史、食品成分、新品種與已知品種在使用上差異的各項資料，評估項目亦特別著重於產品的特性、過敏誘發性、營養成分、抗藥性及抗生素標識基因等。 

 食品藥物管理署強調，我國在基因改造食品安全管理上，自90年即公告指定基因改造黃豆及玉米需辦理查驗登記，並由分子生物、農業化學、毒理學、免疫學、營養學、生物化學、微生物學、醫學、生物技術及食品科學等專家學者，組成基因改造食品諮議會，逐案嚴格審查，每一品系上市前均須取得查驗登記許可。

 該署重申表示，已參考國際相關規範及監測管理措施，檢討我國基因改造食品管理規定，現擬修正有關基因改造食品標示規定，將應標示「基因改造」或「含基因改造」之非屬有意摻入之摻雜率，由5%修正為0.9%。且將持續參考國際相關規範及監測管理措施，修訂相關法規，以精進我國基因改造食品安全性評估、標示及監測管理之管理效能，並即時發布揭露相關訊息，以讓民眾獲取正確之基因改造食品衛生安全資訊，消彌不必要疑慮，保障國人飲食健康安全及消費權益。