在一棟繁華的都市裡，有一間看似普通的公寓大樓，裡面住著各種各樣的居民。其中一個單位裡，住著一位看似宅男的年輕人，名叫小明。小明是一個平凡的上班族，每天忙著工作回到家裡，唯一的嗜好就是看動畫和玩遊戲。

然而，小明有一個不為人知的身份，他其實是一名神秘的忍者。在外人眼中，他只是一個愛宅在家裡的宅男，但當夜幕降臨，他便穿上黑色的忍者服，踏上屋頂，展開一連串的行動。

一天晚上，當小明正在執行一項神秘的任務時，他聽到了一聲尖叫聲，似乎是從隔壁公寓傳來的。小明心想，這裡是一個平靜的地方，怎麼可能發生危險的事情呢？於是他輕手輕腳地跳到了隔壁的陽台，探出頭去看個究竟。

原來，在隔壁公寓裡住著一位名叫小美的女孩，她是小明的鄰居，也是他的暗戀對象。小美是一位勇敢又熱情的女孩，她剛剛被一名可疑的人跟蹤而產生了恐懼。

小明看到這一幕，心生憐憫之情，他決定幫助小美解決這個麻煩。於是，他開始展開調查，穿梭在公寓的各個角落，搜集有關可疑人的信息。

在調查的過程中，小明發現了一個驚人的秘密，原來這個公寓裡住著許多不可思議的人物，包括一個神祕的魔法師、一位化身為黑貓的女魔法師，還有一個臭名昭著的盜賊。

小明發現了這些神秘的居民後，感到更加興奮和好奇。他決定聯合這些奇特的人物，一起解決小美所遇到的困境。於是，他們成立了一個偵探小組，名為「忍者宅男搞怪公寓」，開始聯手展開調查。

在調查的過程中，他們遇到了許多挑戰和困難，但是小明和他的夥伴們通過各種手段和智慧，最終解決了這個謎團。而小美也被這群神祕的偵探所感動，與小明建立了更加親密的關係。

最後，「忍者宅男搞怪公寓」成為了一個傳奇的存在，在都市中掀起了一陣風潮。他們的故事被傳頌了許多年，成為了一個傳說。而小明也在這個過程中，發現了自己的真正使命，成為了一名傑出的忍者。